Sedan 1889 står Eksjö kyrka och blickar ut över torget, mitt i centrala Eksjö. Men på platsen har det legat en kyrka bra mycket längre än så, troligen så långt tillbaka som 1200-talet.
Den gamla medeltida träkyrkan ersattes så småningom av en stenkyrka och det finns bevarade räkenskaper som visar att kyrkan byggs ut i flera omgångar under 15-, 16- och 1700-talet. Vid utbyggnaden 1784 uppfördes ett kyrktorn av sten eftersom det gamla trätornet inte klarade av att bära tyngden av kyrkklockorna.
När 1800-talet började närma sig sitt slut så sågs den gamla kyrkan som omodern och man började att planera för en helt ny kyrka i Eksjö. Ritningarna gjordes av arkitekten J F Åbom och den gamla kyrkan revs 1887. Man sparade dock kyrktornet men höjde det fyra meter och kompletterade det med ett nytt spetsigt torn. Bygget höll på i två år och 1889 stod den nya kyrkan färdig. På 1920-talet var kyrktornet i behov av renovering och man återställde då det ursprungliga utseendet från den gamla kyrkan.
Även invändigt har kyrkan genomgått flera renoveringar och restaureringar. Ett gemensamt tema för dessa restaureringar har varit att man med hjälp av föremål och delar från den gamla kyrkan försökt att närma sig utseendet som kyrkan en gång hade. Några exempel är stuckaturerna i nybarock stil som gjordes 1912 och kyrkbänkarna från 1943.
Kyrkan har moderniserats genom åren och fick exempelvis el 1912. Då ersattes också de gamla värmeugnarna med ett ångvärmesystem. 1936 kom VA till kyrkan och möjliggjorde bland annat toalett och vattenburen värme. Samtidigt installerades motorer till kyrkklockorna. På senare år har även kyrkan fått ett modernt brandskydd med rökdetektorer och sprinklersystem.
När den gamla kyrkan revs så hittade man en runsten i två delar som hade använts som byggnadsmaterial. Den murades nu in i väggen så att den blev synlig. När kyrkan restaurerades på 1940-talet plockades runstenen ut ur väggen och placerades utanför kyrkan, där den fortfarande står kvar. Var stenen ursprungligen restes är okänt men inskriptionen ger oss vissa ledtrådar. Kanske har den stått vid Eksjöån, inte långt från kyrkan? Stenen har varit delad i två och åren i muren har till viss del skadat runorna men texten lyder ”Järp lät resa…efter Sibbe, sin broder, och göra bro…Sibbe…”.
